Zeitschrift für Pflanzenpathologie und Mikrobiologie

Abstrakt

Charakterisierung von Tomaten-assoziierten Rhizobakterien, die an verschiedenen Tomatenanbaugebieten in Tunesien gefunden wurden

Nada Ouhaibi-Ben Abdeljalil, Jessica Vallance, Jonathan Gerbore, Emilie Bruez, Guilherme Martins, Patrice Rey und Mejda Daami-Remadi

In der vorliegenden Studie wurden insgesamt 200 Rhizobakterienisolate aus der Rhizosphäre gesunder Tomatenpflanzen gewonnen, die auf Feldern angebaut wurden, auf denen in der Vergangenheit schwere bodenbürtige Krankheiten, vor allem Kronen- und Wurzelfäule, auftraten. Bei der Untersuchung ihrer Fähigkeit, das Wachstum von Sclerotinia sclerotiorum und Rhizoctonia solani in vitro zu unterdrücken, zeigte sich, dass 69 bzw. 57 der 200 getesteten Isolate das Myzelwachstum der Zielpathogene im Vergleich zur Kontrollgruppe um 11-62 % signifikant hemmen konnten. Die 25 wirksamsten Isolate, die zu einer Unterdrückung beider Pilze um mehr als 45 % gegenüber der Kontrollgruppe führten, wurden ausgewählt und morphologischen, biochemischen, molekularen und metabolischen Untersuchungen unterzogen. Diese Sammlung tomatenassoziierter Rhizobakterien wies eine große morphologische und biochemische Vielfalt auf. Durch die Sequenzierung der 16S rRNA- und rpoB-Gene konnten vier Gattungen identifiziert werden, nämlich Bacillus, Chryseobacterium, Enterobacter und Klebsiella. Die häufigsten Arten waren B. amyloliquefaciens, B. thuringiensis, B. megaterium, B. subtilis, E. cloacae, C. jejuense und K. pneumoniae. Bei der Untersuchung auf pflanzenwachstumsfördernde Eigenschaften wurde gezeigt, dass 20 Isolate Siderophore produzieren können, 18 Phosphate solubilisiert haben und 19 Indol-3-Essigsäure (IAA) synthetisieren können. Durch PCR-Amplifikation von Lipopeptid-Biosynthesegenen wurde das Vorhandensein von Genen nachgewiesen, die die Biosynthese von Fengycin A und Bacillomycin D in 18 bzw. 16 Isolaten kodieren. Die mit Biolog™ Ecoplates durchgeführte Stoffwechselcharakterisierung ergab, dass mit Tomaten assoziierte Rhizobakterien eine hohe Stoffwechselaktivität zeigten und mit zunehmender Inkubationsdauer ein breites Spektrum an Kohlenstoffquellen nutzen konnten. Basierend auf ihren Stoffwechselprofilen wurden diese Rhizobakterienisolate in acht Hauptcluster gruppiert, die zu verschiedenen Probenahmezeiten (24, 48 und 120 Stunden Inkubation) generiert wurden. Die Werte der durchschnittlichen Well-Color-Entwicklung (AWCD) korrelierten positiv mit dem Shannon-Diversitätsindex.