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Abstrakt
Bioinformatischer Ansatz zur Profilierung des oralen und Darmmikrobioms bei Colitis
Sammed N Mandape
Fortschritte in der Bioinformatik und bei Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien haben unsere Möglichkeiten zur Erforschung des menschlichen Mikrobioms deutlich verbessert. 16S ribosomale RNA (rRNA) wird sequenziert, um die taxonomische Zusammensetzung des menschlichen Mikrobioms zu verstehen. In dieser Studie wurde mithilfe von Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME) eine bioinformatische Analyse von sequenzierten 16S-rRNA-Daten von erkrankten (Morbus Crohn (CC) oder Colitis ulcerosa (UC)) und angrenzenden gesunden Dickdarmproben durchgeführt. Darüber hinaus wurde unter Berücksichtigung der rassenspezifischen Informationen zu diesen Proben ein Vergleich der Unterschiede im Dickdarm-Mikrobiom zwischen Afroamerikanern und Kaukasiern durchgeführt. Dabei wurden 208 verschiedene Bakterienarten charakterisiert. Allerdings wurden nur 53 Bakterien auf Artenebene beschrieben. Der Anteil unschädlicher Bakterien in erkrankten CC- und UC-Proben unterschied sich von dem in angrenzenden gesunden Dickdarmproben. Darüber hinaus wurde das Mikrobiom der erkrankten Proben von Mundbakterien der Phyla Firmicutes (Streptococcus, Staphylococcus, Peptostreptococcus) und Fusobacteria (Fusobacterium) dominiert. Die Ergebnisse zeigten auch Unterschiede im Mikrobiom zwischen Afroamerikanern und Kaukasiern, was darauf hindeutet, dass sich die Forschung auf gesundheitliche Ungleichheiten konzentrieren könnte.