Zeitschrift für Pharmakogenomik und Pharmakoproteomik

Abstrakt

Über IC 50 s hinaus: Auf dem Weg zu robusten statistischen Methoden für In-vitro- Assoziationsstudien

Andrew Beam und Alison Motsinger-Reif

Zelllinien-Zytotoxizitätstests werden immer beliebter als Methoden für genetische und genomische Studien zu unterschiedlichen zytotoxischen Reaktionen. Es gibt immer mehr Erfolgsgeschichten, aber relativ wenig Auswertung der statistischen Ansätze, die in solchen Studien verwendet werden. In der überwiegenden Mehrheit dieser Studien wird die Konzentrationsreaktion mithilfe von Kurvenanpassungsansätzen zusammengefasst, und dann werden zusammenfassende Messungen als Phänotyp in nachfolgenden genetischen Assoziationsstudien verwendet. Die Kurve wird normalerweise durch einen einzigen Parameter wie den Wendepunkt der Kurve (z. B. EC/IC50) zusammengefasst. Solche Modellierungen machen wichtige Annahmen und haben statistische Einschränkungen, die berücksichtigt werden sollten. In der vorliegenden Übersicht diskutieren wir die Einschränkungen von EC/IC50 als Phänotyp in Assoziationsstudien und heben einige potenzielle Einschränkungen mit einem Simulationsexperiment hervor. Abschließend diskutieren wir einige alternative Analyseansätze, die sich als robuster erwiesen haben.