Zeitschrift für Pflanzenpathologie und Mikrobiologie

Abstrakt

Amplifikation, Klonierung und In-silico-Vorhersage des vollständigen Elicitin-Gens von Phytophthora capsici, dem Erreger der Moderhinke bei schwarzem Pfeffer

Vijesh Kumar IP, Reena N, Anandaraj M, Eapen SJ, Johnson GK und Vinitha KB

Elicitine sind eine Familie kleiner Proteine, die von Phytophthora abgesondert werden und bei infizierten Pflanzen Blattnekrose verursachen. Hier berichten wir über das Klonen des Elicitin-Gens von P. capsici, einem Oomyceten-Pflanzenpathogen, das bei einer breiten Palette von Wirtspflanzen erhebliche Schäden verursacht. Die Elicitin-Sequenz wurde mithilfe von Primern amplifiziert, die aus den bekannten Elicitin-Genen anderer Phytophthora-Organismen auf der Grundlage ihrer konservierten Motive entwickelt wurden. Die PCR-amplifizierte Produktgröße von 256 bp Länge und die BLAST-Analyse des sequenzierten Produkts zeigten eine perfekte Übereinstimmung mit den Alpha-Elicitin-Sequenzen von P. capsici. Anschließend wurde versucht, das vollständige Elicitin-Gen anhand der Genomsequenzinformationen von P. capsici zu charakterisieren, indem das amplifizierte Produkt mit dem Genom abgeglichen wurde. Eine lokale BLAST-Suche mit dem gesamten Genom identifizierte die gesamte codierende Sequenz. Eine weitere Sequenzanalyse identifizierte eine Promotorsequenz, eine Transkriptionsstartstelle, eine Leader-Signalsequenz und eine Kern-Elicitindomäne mit konservierten 6 Cysteinresten. Darüber hinaus wurde die dreidimensionale Struktur von Capsicein modelliert und die Bindungsaffinität von Sterol und Capsicein mittels molekularem Docking untersucht. Das entwickelte Modell sagte eine starke Bindungsaffinität für Tyr 47 voraus.