Erbliche Genetik: Aktuelle Forschung

Abstrakt

Aktivierung von Ty1-copia-Gruppen-Retrotransposonen von Dendrobium officinale unter abiotischen Stressbedingungen

Cong Li, Yuan Jiang, Yanhui Gao, Jinping Si

Unter Verwendung des Universalprimers Ty1-copia Retrotransposon Reverse Transkriptase (RT) wurde in dieser Studie die konservierte Reverse Transkriptasedomäne von etwa 260 bp, die durch Kältestress und osmotischen Stress induziert wurde, durch RTPCR aus Dendrobium officinale amplifiziert, was darauf hindeutet, dass das Retrotransposon durch Stressbedingungen aktiviert werden könnte. Die Amplicons wurden gewonnen und geklont, um sie mit entsprechender Bioinformatik-Software zu sequenzieren und zu analysieren. 78 transkriptionell aktivierte Ty1-copia-ähnliche Retrotransposon-RTs wurden mit hoher Heterogenität erhalten. Die Länge dieser Sequenzen variierte von 245 bis 265 bp, alle Sequenzen waren reich an AT und die Homologie lag zwischen 42,9 % und 99,2 %. Dasselbe gilt für das Ty1-copia-ähnliche Retrotransposon RT des Genoms, verschiedene cis-wirkende regulatorische Elemente, die durch Stressbedingungen und die Starttranskriptionssignale induziert werden, entsprechend den konservierten Sequenzen der CAAT-Box, TATA-Box und einigen anderen regulatorischen Elementen. Die durch Stressbedingungen induzierten cis-wirkenden regulatorischen Elemente der transkriptionell aktivierten reversen Transkriptase von Ty1-copia-Retrotransposonen waren deutlich höher als beim Ty1-copia-ähnlichen Retrotransposon RT des Genoms. Bei der Übersetzung in Aminosäuren zeigten einige Sequenzen eine Stopcodon-Mutation und/oder eine Frameshift-Mutation, und alle Sequenzen zeigten eine Mutation in der konservierten Sequenz „SLYGKQ“. Durch phylogenetische Analyse nach Alignment-Analysen ihrer Aminosäuresequenzen wurden vier Kategorien identifiziert, wobei das Ty1-copia-ähnliche Retrotransposon RT des Genoms eine geringe Homologie aufwies, was darauf hindeutete, dass die transkriptionell aktivierte reverse Transkriptase von Ty1-copia-Retrotransposonen, die unter Stressbedingungen induziert wurde, deutliche Unterschiede zum Ty1-copia-ähnlichen Retrotransposon RT des Genoms aufwies.