Olivier Croce, Francois Chevenet und Richard Christen
Gensequenzen der kleinen ribosomalen Untereinheit RNA (SSU rRNA) werden heute häufig zur Identifizierung mikrobieller Organismen verwendet. Die öffentlichen Datenbanken enthalten jedoch heute hauptsächlich rRNA-Gensequenzen, die durch PCR und Klonen von aus Umweltproben isolierter DNA entstanden sind. Die meisten dieser Sequenzen sind schlecht annotiert und tragen keine richtigen taxonomischen Zuordnungen. Infolgedessen macht diese Flut an Sequenzen Routineidentifizierungen oft sehr mühsam.
Wir schlagen einen neuen Webserver zur schnellen und zuverlässigen Identifizierung mikrobieller Isolate vor. Er ermöglicht das Abrufen verwandter Sequenzen und ihrer Taxonomien, um mit phylogenetischen Analysen fortzufahren. Dieses Webtool basiert auf spezifischen Datenbanken kultivierter Arten für Bakterien, Archaeen und Protozoen. Darüber hinaus können verschiedene Daten heruntergeladen werden, die das Identifizierungsverfahren unterstützen. Der Server enthält auch Online-Software zur automatischen Anzeige annotierter phylogenetischer Bäume.