Zeitschrift für Pharmakogenomik und Pharmakoproteomik

Abstrakt

Ein Hochdurchsatz-Echtzeit-PCR-Ansatz für Pharmakogenomikstudien

Toinette Hartshorne, Ferrier Le, Jordan Lang, Harrison Leong, Kathleen Hayashibara, Dominique Dewolf und Elliot Shelton

Fortschritte in der personalisierten Medizin haben zu einer Zunahme von Pharmakogenomikstudien geführt, bei denen Personen auf Arzneimittelmetabolismusenzym- und Transportergenpolymorphismen getestet werden, die an der Arzneimittelreaktion beteiligt sind. Infolgedessen besteht eine wachsende Nachfrage nach erschwinglichen, einfach zu verwendenden Technologien mit schnellen Arbeitsabläufen von der Probe bis zum Ergebnis, die das Testen anpassbarer Sätze von Zielgenvarianten und einer veränderlichen Anzahl von Proben ermöglichen. Darüber hinaus werden Datenanalysetools benötigt, um die Übersetzung der genetischen Informationen einer Person in ihren diploiden Gehalt an Sternallel-Haplotypen auf Genebene zu erleichtern, die mit Phänotypen von Arzneimittelmetabolismusenzymen korreliert werden können. Hier beschreiben wir die Entwicklung einer umfassenden Workflow-Lösung für Pharmakogenomik-Experimente, um diesen Bedarf zu decken. Hochwertige Daten wurden aus gereinigten Mundschleimhautabstrich-DNAs generiert, die mit TaqMan® SNP-Genotypisierung und Kopienzahl-Assays in OpenArray®- bzw. 384-Well-Plattenformaten auf dem QuantStudio™ 12K Flex-System durchgeführt wurden. Die Datenanalyse erfolgte mit der TaqMan® Genotyper™ Software zur Untersuchung der Ergebnisse des SNP-Genotypisierungstests und mit der CopyCaller® Software zur Untersuchung der Ergebnisse des Kopienzahltests. Anschließend wurden diese genetischen Daten für einzelne Proben mithilfe der kürzlich entwickelten AlleleTyper™ Software in Sternallel-Genotypen übersetzt. Die spezifischen TaqMan® SNP-Genotypisierungs- und Kopienzahltests für die verwendeten Genvarianten können an die Anforderungen einer bestimmten Pharmakogenomikstudie angepasst werden. Dieser kostengünstige, hochdurchsatzfähige Pharmakogenomik-Workflow kann von der Probenvorbereitung bis zur Datenanalyse an einem einzigen Tag abgeschlossen werden.