Zeitschrift für mikrobielle und biochemische Technologie

Abstrakt

Ein Genexpressionsprofil des peripheren Blutes bei Darmkrebs

Chi-Shuan Huang, Harn-Jing Terng, Yu-Chin Chou, Sui-Lung Su, Yu-Tien Chang, Chin-Yu Chen, Woan-Jen Lee, Chung-Tay Yao, Hsiu-Ling Chou, Chia-Yi Lee, Chien-An Sun, Ching-Huang Lai, Lu Pai, Chi-Wen Chang, Kang-Hwa Chen, Thomas Wetter, Yun-Wen Shih und Chi-Ming Chu

Hintergrund: Es wurden optimale molekulare Marker für die Erkennung von Dickdarmkrebs (CRC) in einem Bluttest evaluiert. Die Microarray-Technologie hat großes Potenzial in der Dickdarmkrebsforschung gezeigt. Gene, die in Microarray-Studien signifikant mit Krebs assoziiert sind, wurden als Kandidatengene für die Studie ausgewählt. Durch das Zusammenführen öffentlicher Microarray-Datensätze aus dem Internet kann die Beschränkung durch die geringe Anzahl von Proben in früheren Studien überwunden werden. Ziel: Durch die Verwendung öffentlicher Microarray-Datensätze können Genexpressionsprofile für Dickdarmkrebs verifiziert werden. Methoden: Es wurde eine logistische Regressionsanalyse durchgeführt und die Quotenverhältnisse für jedes Gen zwischen CRC und Kontrollen bestimmt. Öffentliche Microarray-Datensätze von GSE 4107, 4183, 8671, 9348, 10961, 13067, 13294, 13471, 14333, 15960, 17538 und 18105 umfassten 519 Fälle von Adenokarzinom und 88 Kontrollen normaler Schleimhaut, die zur Überprüfung der Kandidatengene aus logistischen Modellen und zur Schätzung ihrer externen Allgemeingültigkeit verwendet wurden. Ergebnisse: Ein 7-Gen-Modell von CPEB4, EIF2S3, MGC20553, MAS4A1, ANXA3, TNFAIP6 und IL2RB wurde paarweise ausgewählt, da es die besten Ergebnisse in der logistischen Regressionsanalyse zeigte (HL p=1.000, R2=0.951, AUC=0.999, Genauigkeit=0.968, Spezifität=0.966 und Sensitivität=0.994). Schlussfolgerungen: Ein neues Genexpressionsprofil wurde mit CRC in Verbindung gebracht und kann möglicherweise in blutbasierten Nachweistests eingesetzt werden.